Më 14 qershor, Shtabi i Përgjithshëm lëshoi një urdhër dite drejtuar të gjitha forcave të UNÇSH-së për të filluar kundërmësymjen me goditje të rrufeshme në të gjitha drejtimet, për të shkatërruar forcat e gjalla, për të prishur prapavijat e armikut dhe rrugët e komunikacionit të tij, për ta ndjekur këmba-këmbës duke djegur kazerma, depo etj., duke mos e lënë armikun asnjë çast të pushojë dhe të rigrumbullohet. “...Sulmi juaj i rrufeshëm, - thuhet në këtë urdhër, - duhet të ndalet brenda në qytete, të cilat i çlironi menjëherë dhe përgjithmonë.”*

*Dokumente të Shtabit të Përgjithshëm, Nr. 184, f. 439.

Kundërmësymja filloi nga të gjitha forcat e ushtrisë partizane. Mësymja e përgjithshme nisi me kalimin e Shkumbinit nga forcat e Divizionit I Sulmues, më 26 qershor 1944, në tri drejtime: Mokër - Librazhd - Gollobordë; Polis - Çermenikë - Sulovë; dhe Kërrabë - Tiranë. Krahas organizimit të luftës, diktohej edhe organizimi i përsosur i shërbimit shëndetësor në përshtatje me detyrat e njësive. Për këtë, u kërkua nga Komanda e Përgjithshme që në raportet e reparteve të përcaktohej më mirë gjendja shëndetësore e tyre, funksionimi i shërbimit, të metat dhe nevojat urgjente.

Kurset e infermierëve duhej të nxirrnin sa më shumë kuadro për të plotësuar njësitë e reja dhe për të zëvendësuar humbjet. Në një qarkore të korrikut 1944, thuhet se gati të gjitha njësitë janë plotësuar me nga një mjek, i cili, përveç mjekimit, do të kujdesej për izolimin e të sëmurëve në rast epidemie. Mjeku mund të formonte bazë infermierie vetëm kur nuk kishte asnjë mundësi strategjike për të transportuar të plagosurit në spitalet e zonës. Gjithashtu, urdhërohej që të gjithë të plagosurve t’u bëhej doemos serumi antitetanik. Kjo qarkore mori rëndësinë e një rregulloreje të vërtetë veprimi për trupën shëndetësore në luftë.

Përsosja e shërbimit shihet edhe në qarkoren mbi organikën dhe vartësinë:

“Shëndetësia dhe intendenca kanë një hierarki të tyre për sa i përket shërbimit. Sanitetet e kompanive varen prej përgjegjësit të shëndetësisë së batalionit, këta nga oficerët e brigadës, dhe ky i fundit prej referentit sanitar të divizionit ose prej Shtabit të Përgjithshëm.”*

Përcaktimi i kësaj vartësie ishte një masë e rëndësishme për një ushtri që tashmë kishte formë të plotë me brigada, divizione dhe korparmata.

Po në këtë kohë, u dërgua një udhëzim mbi manovrimin e spitaleve në vende të fshehta, me rezerva ushqimore dhe barna. Në Shqipërinë e Jugut, spitalet u unifikuan në qendra si: Gusmar (Kurvelesh), Leshnicë e Sipërme (Dropull), Fshat i Vogël (Zagori), Kosovë (Përmet), Krahës (Tepelenë), Nikollarë dhe Milovë (Skrapar), si dhe Misras (Opar). Ky unifikim rriti kapacitetet (mbi 250 vetë) dhe liroi mjekë për njësitë e reja.

Në Shqipërinë e Mesme dhe të Veriut u krijuan mbi 30 spitale të reja. Seksioni i shëndetësisë i korparmatës kishte detyra të qarta: organizimin e shërbimit ushtarak, luftën kundër sëmundjeve ngjitëse dhe koordinimin me shëndetësinë civile. Ky karakter i dyfishtë (udhëheqës dhe zbatues) ishte një veçori origjinale e shërbimit tonë shëndetësor ushtarak.

Më vonë, vendmjekimet e njësive u fuqizuan. Çdo mjek organizonte në çdo nënrepart vendin e parë të mjekimit dhe transportin e menjëhershëm. Spitalet partizane lëviznin bashkë me njësitë; p.sh., spitali i Divizionit I Sulmues u zhvendos nga Martaneshi në pyllin e Korabit, në Peshkopi dhe Zerqan.

Me çlirimin e qyteteve, u morën në dorëzim institucionet shtetërore, farmacitë dhe depot mjekësore. Në tetor 1944, Këshilli Nacionalçlirimtar i Tiranës formoi një seksion shëndetësor për të grumbulluar barna për frontin. U krijuan komisionet e asistencës sociale për higjienën e popullit dhe u bë mobilizimi i mjekëve civilë në shërbim të ushtrisë. Në Tiranë, u rekuizuan 18 farmaci private për të ndihmuar spitalet partizane të Tujanit, Shëngjergjit dhe spitalin ushtarak. U vendos rregull për denoncimin e sëmundjeve ngjitëse çdo 4 ditë, duke vënë kapacitetet civile plotësisht në shërbim të luftëtarëve dhe popullit.