Për shkak të veprimeve të njësive partizane Operacioni armik i Qershorit filloi më vonë nga ç’ishte parashikuar, më 28 maj 1944. Për zhvillimin e këtij operacioni gjermanët sollën forca të reja nga Greqia dhe nga Jugosllavia. Operacioni filloi me katër divizione e gjysmë gjermane dhe me forcat të shumta reaksionare, gjithsej me rreth 45 mijë veta, të armatosur shumë mirë, të mbështetur nga artileria, nga tanket dhe nga aviacioni. Faza e parë e operacionit armik u zhvillua nga 28 maji deri më 10 qershor kundër Divizionit I Sulmues në zonën Korçë-Elbasan-Përmet. Në këto zona, duke përfshirë edhe krahinat midis tyre, kishte rreth 2000 të plagosur dhe të sëmurë të vendosur në 32 spitale partizane, infermieri, baza të qytetit dhe në fshatrat e çliruara. Gozhdimi i armikut për një kohë në luftime të ashpra u dha mundësi organeve të PKSH dhe të pushtetit të manovronin në lëvizjet e spitaleve partizane të përgatiteshin për t’i vendosur atë në vende të përshtatshme.

Në luftimet e Divizionit I Sulmues u plagosën mbi 600 partizanë dhe pjesëtarë të njësiteve të forcave vullnetare. Pra një situatë shumë e vështirë u krijua për spitalet partizane, për të sëmurët e për të plagosurit, sepse luftohej kudo dhe në shumë drejtime. Numri i madh i të palgosurve dhe i të sëmurëve pengonin shumë në lëvizjen e tyre. Po forcat tona kishin fituar përvojë gjatë Operacionit armik të Dimrit. Kujdes i PKSH dhe i komandave eprore ishte një faktor i rëndësishëm në sigurimin e sukseseve. Komanda e përgjithshme e UNÇSH në ato ditë urdhëronte shokët e spitalit të Nikollarës: “Sa më parë studioni në afërsi të Nikollarës një vend të përshtatshëm dhe të fshehur në një pyll ku të ndodhet ujë, për të çuar të gjithë të sëmurët në rast të ndonjë operacionit. Atje duhet të grumbulloni edhe ushqime, të cilat duhet të jenë të fshehura dhe të ruajtura nga shiu dhe vjedhja. Vendi duhet të mbahet konspirativ dhe si zgjedhja e tij ashtu edhe lëvizja, që do të bëhet për të çuar të sëmurët, duhet bërë në mënyrë që të mos merret vesh… Në dijeni të këtij vendi duhet të jetë vetëm personeli i nevojshëm për grumbullimin e ushqimit. Pë rkonspiracionin dhe sigurimin e vendit janë përgjegjës direkt. Mbasi të kini bërë vëzhgime dhe të keni caktuar vendin na njoftoni sa më parë…"*

*Dokumente të Shtabit e të Komandës së Përgjithshme. Vëll. I, Nr. 204, f.456.

Mendimi i Komandës së Përgjithshme ishte që spitalet partizane të vendoseshin në vende të fshehta, në afërsi të qendrave të banuara për t’iu shmangur kështu udhëtimeve të gjata dhe të lodhshme që ishin praktikuar gjatë operacionit të dimrit. Në afërsi të Nikollarës do të vendoseshin kështu edhe disa spitale të tjera partizane. Me veprimet luftarake filluan edhe përgatitjet për sistemimin dhe vendosjen e spitaleve të qarkut të Korçës. Në pellgun e Oparit të palgosurit dhe të sëmurët u grumbulluan në spitalin e Tudasit. Këta u ndanë në dy grupe: pjesa më e madhe e tyre rreth 150-200 vetë u nisën më 4 qershor me kuaj dhe në këmbë, kurse kolona e dytë u nis më 5 qershor. “Spitali, - shkruan një veteran, - ka filluar të lëvizë qysh dje pasdite dhe tani po largohet pjesa tjetër që ka mbetur për mungesë kafshësh. Partizanët mbajnë në supe tezga me të plagosurit rëndë. Disa të tjerë , me një dashuri të pa treguar, po kurojnë me kujdes të madh njëri-tjetrin, sepse i vetmi infermier që ishte ka shkuar përpara me shumicën. Këta shokë kanë një dashuri të madhe për shoqi-shoqin, shumë prej tyre kanë zbathur dhe disa me këmisha të çjerra, sepse i kanë grisur për t’i bërë fasha për plagët."*

*Gaqo Kollumbi (Yrka) “Ditar partizan”, f.174 dhe 175.

Pas luftimesh të ashpra armiku sulmoi nga Maliqi, Moglica, Voskopi, Polena, Vithkuqi, Qafa e Martës dhe Qafa e Becit. Qëllimi ishte mbyllja e shtigjeve dhe rrethimi i partizanëve në Malin e Ostrovicës dhe të Oparit. Batalioni “Skënder Çaçi”, pasi mbështeti për një kohë kolonat e të plagosurve, u tërhoq nga ana e Gorës për t’i marrë krahët armikut. Batalioni “Tomorri” merr drejtimin  Vithkuq-Shtyllë. Forcat e Brigadës IV Sulmuese vazhdojnë të pengojnë përparimin e armikut duke i shkaktuar dëme dhe duke çarë shtigje kalimi. U krijua një situatë e vështirë për partizanët e plagosur dhe për të sëmurët. Më 4-5 qershor spitali i Tudasit dhe spitalet e Oparit, nën breshërinë e predhave të artilerisë dhe të mortajve, me vështirësi kaluan Qafën e Martës dhe u drejtuan për në Staraveckë: aty pushuan pak, u furnizuan me ushqime, ndërruan kuajt  e ngarkesës, u bë ndërrimi i plagëve dhe mjekimi i të plagosurve dhe menjëherë u nisën në drejtim të Potomit të Skraparit. Atje u bashkuan me të plagosurit e spitalit të grabockës dhe u sistemuan në pyllin e Sharrës, ku pritën urdhrin e shtabit.

Shumica e të plagosurve të rrethit të Skraparit ishte grumbulluar në pyllin e Nikollarës. Një pjesë manovronin në zonën Skrapar-Përmet, një pjesë tjetër ishte drejtuar në krahinën e Dangëllisë. Të plagosurit që erdhën nga spitali i Tudasit dhe ata të spitalit të Grabockës u drejtuan natën për në pyllin e Sharrës dhe prej aty për në Hotovë të Përmetit, sepse forcat armike po lëviznin në drejtim të tyre. Kolona e të plagosurve rëndë ishte e madhe. Mjeku interesohej jo vetëm për mjekimin, por edhe për ushqimin, e deri për ngarkimin e shkarkimin e kafshëve. Në Hotovë të plagosurit u vendosën nëpër shtëpi. Gjendja e tyre ishte keqësuar. Udhëtimi i gjatë dhe mungesa e ushqimeve i kishin dobësuar shumë. Barnat po pakësoheshin. Vapa e qershorit  i mundonte, u shtonte etjen dhe u keqësonte plagët. Mbi 200 të plagosur rëndë u sistemuan në pyllin e Hotovës. Aty u krijua një fushim i vërtetë ushtarak me të gjitha rregullat. Disa fshatarë u dërguan të mblidhnin ushqime dhe lakra të egra për t’i gatuar. Disa prej tyre vunë roje. Mjeku iu përvesh punës për mjekimin e plagëve. Në pyllin e Hotovës të plagosurit qëndruan mbi 10 ditë, pastaj morën urdhër të niseshin për në Miçan dhe në Frashër. Në Miçan të plagosurit u sistemuan nëpër shëtëpitë e fshatarëve. Të plagosurit u lëvizën pjesë-pjesë për në destinacione të ndryshme. Nga fundi i qershorit të plagosurit e strehuar në pyllin e Hotovës u grumbulluan në Frashër dhe më vonë në Nikollarë.

Të plagosurit e spitalit të Brigadës I Sulmuese të vendosur në Zaloshnje, manovruan në fshatrat përreth dhe nga mesi i qershorit u bashkuan me të palgosurit e tjerë të spitaleve të Përmetit. Po kështu të plagosurit dhe të sëmurët e spitaleve partizane të Grupit të Beratit dhe të Brigadës VII Sulmuese me rrugë të ndryshme arritën në zonën e Dangëllisë dhe një pjesë e tyre në Potom të Skraparit. Manovrimi i tyre u lehtësua shumë nga luftimet e reparteve partizane. Grumbullimi i të plagosurve në disa fhsatra si Nikollar, Frashër, Zaloshnje, etj, krijoi vështirësi të shumta për ushqim. Në këtë fazë të operacionit u vu re se repartet duke pasur vendmjekimet e tyre në e ndjenë shumë lëvizjen e spitaleve si në operacionin e dimrit. 

Faza e dytë e operacionit armik të qershorit filloi në datën 11 të po këtij muaji në drejtim të Zonës së Parë Operative Vlorë-Gjirokastër, ku vepronin përveç njësive të kësaj zone edhe Brigadat VI, VIII dhe XII Sulmuese. Në këtë kohë, në këto zona kishte rreth 1500 të plagosur e të sëmurë partizanë në 22 spitale partizane, në infermieri dhe në vendmjekime. Nga luftimet e ashpra u plagosën rreth 400 partizane dhe pjesëtarë të forcave vullnetare. Forcat partizane, të përgatitura më parë për mësymjen, i bënë qëndresë të fortë armikut: ato i rezistuan atij në pika kyçe si në Kardhiq dhe në Salari, manovruan në krahë dhe në shpinë dhe brenda pak ditëve i shpëtuan rrethimit koncentrik të armikut duke e dëmtuar rëndë atë.

Me të filluar armiku veprimet, të plagosurit e të sëmurët e spitalit partizanë të Kardhiqit u ndanë në dy kolona. Njëra pjesë u bart duke ndjekur rrugën për të Progonat dhe tjetra për në Qafën e Skërficës. Të dy kolonat kishin secila mbi 100 të plagosur rëndë e të sëmurë të ngarkuar në kafshë, me shoqërues dhe me roje partizane. Në secilën kolonë ndihma mjekësore ishte e kompletuar. Bashkë me ta udhëtonte edhe një ngarkesë me tetë mushka me materiale mjekësore të nxjerra nga Gjirokastra dhe nga Gërhoti. Kolona e Progonatit, për shkak të reaksionit të madh, vazhdoi rrugën në drejtim të Gusmarit dhe gjatë rrugës u takua me vargun e të plagosurve dhe të sëmurëve të spitalit partizan të Gusmarit e të Nivicës që shoqëroheshin nga skuadra partizane. Aty u njoftuan për zhvillimin luftës së Salarisë dhe të Kardhiqit dhe u mor vendim që të qëndronin të fshehur në Pyllin e Lajthive, ku organizuan edhe një mbrojtje të afërt, vrojtimin, tendat për të plagosurit rëndë dhe furnizimin me ushqime. Kurse kolona me të plagosurit që marshoi për nga Qafa e Skërficës e pati më të vështirë, sepse luftimet në bregdet ishin shumë të ashpra dhe armiku kishte përparuar nëpër fshatra e pika kyçe, kështu që atyre iu desh të linin rrugën e caktuar e nëpër monotape morën drejtimint e veriut për të dalë në Fterë dhe në Kuç, por megjithatë vazhdimi i kësaj rruge qe i pamundur. Forcat partizane ishin tërhequr dhe nuk u takuan me ta. Kështu të plagosurit për t’iu shmangur ndeshjes me forcat armike manovruan deri në mbarim të operacionit, bënë rrugë të gjaa dhe shumë të vështira.

Spitalet partizane të Mesaplikut dhe Kurveleshit të poshtëm kaluan situata dramatike gjatë këtij operacioni, sepse luftohej në të gjitha drejtimet dhe shtigjet e kalimit ishin krejtësisht të zëna. Në shpellën e Matogjinit dhe të Çepunit u fshehën shumica e të plagosurve të Mesaplikut. Spitali partizan i Kuçit, i Vernikur e spitale të tjera u shpërndanë bashkë me popullin në vedne të fshehta nëpër pyje. 

Më vështirë e patën të plagosurit e të sëmurët e spitaleve partizane të Pogonit, Zagorisë e të Përmetit, të cilët bashkë me forcat partizane, u ndodhën krejtësisht të rrethuar. Veprimet e guximshme të njësive partizane për të çarë rrethimin në disa drejtime u kurorëzua me sukses. Të plagosurit u ndanë në disa grupe të shoqëruara nga skuadra partizane. Një pjesë e tyre vazhduan rrugën për në Kardhiq dhe në Kurveleshin e sipërm ku zhvilloheshin luftime dhe në pamundësi, u drejtuan për të Tepelenë e Mallkastër të sipërme, rrugë të cilën e bënë pa pasur dëme. Njëpjesë tjetër prej më se 200 të plagosurish manovruan në lindje dhe në juglindje buzë kufirit shtetëror të ndarë në disa pjesë. Ndërsa një pjesë tjetër u dërgua në jug, në Postenan e Çajup. Manovrimi ishte i shpejtë dhe i organizuar.

Vala e kësaj mësymjeje kaloi edhe në krahinën e Konispolit, Në zonën Gjirokastër - Dropull - Theollogo - Delvinë - Konispol, në kohën e operacionit armik të qershorit, ndodheshin rreth 1000 partizanë të sëmurë dhe të plagosur, të vendosur kryesisht në fshatrat e çliruara dhe në dhjetë spitale e infermieri partizane. Në pranverë dhe në fillim të verës së vitit 1944 në këtë zonë ka pasur më shumë të sëmurë se sa të plagosur. TË sëmurët, shumica e të cilëve ishin malarikë, vendoseshin nëpër baza fshatara nën kujdesin e fshatarëve dhe të ndonjë infermieri lëvizës. Krahas malarikëve kishte shumë partizanë me infeksione të mushkërive dhe të reumatizmit akut. Spitalet partizane mbaheshin në zona të lira de kishin të plagosur rëndë, të operaruar dhe disa të sëmurë.

Kur filloi operacioni armik i qershorit, në këtë zonë u diktua dhe lëvizja e spitaleve partizane. Forcat partizane të kësaj krahine me shpejtësi çanë në shumë drejtime rrethimin dhe morën me vete pjesë-pjesë partizanët e plagosur. Duke luftuar dhe duke i transportuar këta, ato shpërnadnë në drejtime të ndryshme. Një pjesë e tyre  erdhi edhe në krahinën e Pogonit dhe në atë të Zagorisë. Një pjesë tjetër manovroi shumë mirë në kufirin shqiptaro-grek, e kaloi disa herë atë, duke iu shmangur ndalesave të gjata në qendrat e banuara dhe ndeshjes me armikun. Shërbimi shëndetësor partizan gjatë këtij operacioni armik u bë më luftarak, përsosi organizimin e vet dhe tregoi aftësi në trajtimin e të plagosurve e të sëmurëve. Përvoja e grumbulluar nga zhvillimi i betejave të mëparshme dhe veçanrësisht nga ato të operacionit të dimrit si dhe njohja e mirë e tkatikës së armikut i pajisën kuadrot, komandat, shtabet dhe personelin shëndetësor me aftësinë për të manovruar sa më mirë. Partizanët e plagosur dhe të sëmurë nuk mbetën për një kohë të gjatë jashtë zonave të banuara, faktor ky mjaft i rëndësishëm që ndikoi jo vetëm për rivendosjen e spitaleve partizane, por edhe për shërimin e plagëve. Gjetrja dhe përdorimi i vendeve të fshehta për spitalet ishte mënyra më e mirë për t’i shpëtuar këtij operacioni.

Gjatë operacionit për ushqimin e të sëmurëve u përdorën shpesh edhe lakrat e egra, hithrat dhe shumë perime e fruta të kultivuara ose në gjendje gjysme të egër, ashtu siç ishin në natyrë. Qumësht dhe bulmet pati më shumë se sa në dimër. Vapa e madhe dhe kushtet e vështira gjatë operacionit armik, manovrimii shpejtë i të plagosurve, marshimet e gjata ndikonin shumë në mosshërimin e shpejtë të plagëve. Ato shpesh qelbëzoheshin. Gjatë kësaj kohe u përdorën për mjekimin e plagëve edhe barëra popullore të përgatitura nga bimësia, gjë që e favorizonte personelin mjekësor. Rezervat e barnave dhe materialet e spitaleve nuk u vunë në lëvizje bashkë me të plagosurit dhe të sëmurët, por u fshehën nëpër pyje, në gropa e shpella ku nu mund të shkelte këmba e armikut, dhe pas largimit të reaksionit ato menjëherë u vunë në shërbim të partizanëve të plagosur dhe të spitaleve. Gjithashtu shërbimi shëndetësor i njësive partizane me lëvizjen e spitaleve gjatë operacioneve armike u mobilizuan akoma më shumë dhe në këtë periudhë vendmjekimet e tyre funksionuan mirë.